Wynika to z faktu, że rolnika nie obowiązują przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, o czym mówi sama ustawa o podatku dochodowym od osób fizycznych w art. 2 ust. 1 pkt 1. (Dz. U. z 2012 r. poz. 361 ze zm.)
Działalność rolnicza podlega jednak przepisom ustawy o VAT.
Zgodnie z tymi przepisami rolnik może korzystać z:
1.     rozliczenia na zasadzie ryczałtu
2.     podlegać zasadom ogólnym.
1. Rozliczenie na zasadzie ryczałtu:
Zgodnie z definicją zawarta w art. 2 pkt. 19 ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm.) przez rolnika ryczałtowego rozumie się rolnika dokonującego dostawy produktów rolnych pochodzących z własnej działalności rolniczej lub świadczącego usługi rolnicze, korzystającego ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 3, z wyjątkiem rolnika obowiązanego na podstawie odrębnych przepisów do prowadzenia ksiąg rachunkowych.
W związku ze zwolnieniem z opodatkowania VAT dostawy towarów oraz świadczenia usług przez rolnika ryczałtowego nie jest on zobowiązany do rejestrowania się jako czynny podatnik VAT w urzędzie skarbowym. Status rolnika ryczałtowego wiąże się również z brakiem obowiązku wystawiania faktur za wykonywane czynności, a co za tym idzie z brakiem obowiązku prowadzenia ewidencji.
Rolnik ryczałtowy dokonujący dostawy produktów rolnych dla czynnego podatnika VAT dostaje od nabywcy fakturę VAT-RR dokumentującą transakcję. Fakturę tą wystawia nabywca, a nie jak w większości przypadków sprzedawca. Na tej podstawie rolnik może ubiegać się o zwrot podatku z tytułu nabywania niektórych środków produkcji dla rolnictwa, które opodatkowane są VAT.
W sytuacji, w której rolnik ryczałtowy planuje również świadczyć dodatkowo usługi w zakresie np. remontowo – budowlanym to może dalej korzystać ze zwolnienia podmiotowego z podatku VAT natomiast w przypadku tej działalności musi uzyskać pozwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej i wybrać jedną z form opodatkowania w podatku dochodowym.
W tym celu należy obliczyć narastająco osiągniętą przez niego kwotę obrotów, która podlega opodatkowaniu (dotyczy to przychodów osiągniętych z tytułu świadczenia usług remontowo - budowlanych) ale pomijając sprzedaż produktów rolnych, które pochodzą z prowadzonej przez niego rolniczej działalności. Jeżeli osiągnięte obroty przez tego podatnika, które zostaną w ten sposób wyliczone, nie przekroczą kwoty 150 000zł, to podatnikowi temu będzie przysługiwało zwolnienie podmiotowe z podatku VAT. Jeżeli natomiast kwota jego obrotów rocznych przekroczy 150 000zł, to nadwyżkę nad ta kwotą będzie on musiał opodatkować podatkiem VAT.
2.    Rozliczenie na zasadach ogólnych.
Obecnie rolnik sam decyduje o rezygnacji z ryczałtowego rozliczenia VAT, a tym samym przejścia na zasady ogólne. W art. 43 ust. 3 w/w ustawy o VAT postanowiono, że rolnik ryczałtowy dokonujący dostawy produktów rolnych lub świadczący usługi rolnicze, które są zwolnione od podatku, na podstawie ust. 1 pkt 3, może zrezygnować z tego zwolnienia pod jednym warunkiem: dokonania zgłoszenia rejestracyjnego, o którym mowa w art. 96 ust. 1 i 2.. W tym celu składa zgłoszenie rejestracyjne VAT-R przed rozpoczęciem miesiąca, w którym ma nastąpić rezygnacja. Od momentu rejestracji rolnik staje się czynnym podatnikiem VAT.
Jeżeli rolnik ryczałtowy zrezygnuje ze zwolnienia od podatku VAT, to dopiero po upływie 3 lat od daty rezygnacji i przejścia na zasady ogólne, będzie mógł ponownie skorzystać ze zwolnienia od podatku określonego w art. 43 ust. 1 pkt 3, tzn. odzyskać status rolnika ryczałtowego. Oznacza to że, rolnik przez co najmniej 3 lata musi być podatnikiem opodatkowanym na zasadach ogólnych. Ponowne zwolnienie od podatku obowiązuje pod warunkiem pisemnego zawiadomienia naczelnika właściwego urzędu skarbowego przed początkiem miesiąca (kwartału), od którego podatnik ponownie chce skorzystać ze zwolnienia.
Konsekwencje rozliczania VAT przez rolnika według zasad ogólnych
Od momentu rejestracji jako czynny podatnik VAT rolnik traci prawo do żądania od nabywcy faktur VAT-RR. Nie może się on też ubiegać o zwrot VAT z tytułu dostawy produktów rolnych na rzecz nabywców będących czynnymi podatnikami VAT.
W zamian za to natomiast rolnik - czynny podatnik VAT - będzie zobowiązany do:
•    wystawiania faktur za sprzedaż towarów i usług z naliczonym podatkiem należnym;
•    prowadzenia ewidencji sprzedaży oraz zakupów VAT;
•    składania okresowych deklaracji podatkowych VAT w urzędzie skarbowym;
•    odprowadzania podatku należnego, jeżeli taki wykaże rozliczenie za dany miesiąc.
 
Rolnicy opodatkowani na zasadach ogólnych muszą też pamiętać o:

- rozdzieleniu zakupów dotyczących gospodarstwa domowego od gospodarstwa rolnego
- korekcie podatku naliczonego w przypadku zakupów związanych z gruntami rolnymi (nawozy, środki
 ochrony roślin, nasiona, olej napędowy) w przypadku wydzierżawienia gruntu na cele rolnicze gdyż jest
 to czynność zwolniona z VAT
- wykazywanie jako sprzedaż opodatkowaną dzierżawę gruntów zarówno gdy następuje ona w formie
 pieniężnej jak i w naturze np. za zboże,
- ewidencjonowaniu przychodów z tyt. świadczenia usług swoimi maszynami w gospodarstwach rolnych
 należących do rodziny jak i innych mieszkańców wsi.
Deklaracja VAT rolnika
W deklaracji VAT wykazuje się zarówno sprzedaż jak i zakup towarów lub usług. Kwoty w deklaracji przyporządkowane są do odpowiednich stawek VAT. W przypadku rolników często wykorzystywanymi stawkami są 5% i 8%, a rzadziej standardowa stawka 23%.
Wykazywana w deklaracji kwota należnego podatku wynikająca ze sprzedaży towarów i usług pomniejszona o kwotę podatku naliczonego przy zakupach dokonywanych przez rolnika daje w konsekwencji wynik rozliczenia VAT za dany okres. Jeżeli:
•    VAT należny (sprzedaż) jest większy od VAT-u naliczonego (zakup), to występuje podatek do zapłaty
•    VAT należny (sprzedaż) jest mniejszy od VAT-u naliczonego (zakup) to nadwyżka podatku przechodzi na następny okres rozliczeniowy bądź na wniosek rolnika jest wypłacana.
Co do terminów składania deklaracji to rolnik może wybrać rozliczanie miesięczne (do 25 kolejnego miesiąca) lub zgodnie z art. 99 ust 3 w/w ustawy o VAT podatnicy inni niż mali podatnicy rozliczający się metodą kasową, mogą składać deklaracje podatkowe za okresy kwartalne (do 25 miesiąca następującego po zakończeniu kwartału). Wyboru dokonuje się przy rejestracji na formularzu VAT-R. W deklaracji za dany okres rozliczeniowy rolnik wykazuje całą sprzedaż mającą miejsce w danym okresie oraz otrzymane zaliczki z rozliczanego miesiąca lub kwartału. Natomiast wykazywanie podatku naliczonego od zakupów można wykazywać w deklaracji za okres w którym otrzymano faktury lub w dwóch kolejnych okresach rozliczeniowych.

Informacja zamieszczona na prośbę Naczelnika Urzędu Skarbowego w Busku - Zdroju